国人感染率最高的B型肝炎，近年来因疫苗问世，大幅降低了儿童带原的问题；然而C型肝炎却成了肝病防治的另一个重要课题。

儿童C肝的主要感染源仍以母子间垂直感染为主。垂直感染可能发生在胎内或生产前后，但最重要的危险因素主要取决于母亲的免疫状况和病毒量的多寡；C肝妈妈怀孕产检时，如施行羊膜穿刺检查，可能会增加病毒传染给胎儿的危险性；而法国的一项研究指出，经产道生产时使用产钳会使垂直感染的机率提高三倍。


一般的研究指出，大部分经产道生产的婴儿垂直感染比剖腹产来得多，但是否意味着剖腹产对C肝的垂直传染有预防的效果，仍有待证实，所以目前妇产科医师对于没有HIV共同感染的C型肝炎母亲，并不会建议剖腹产，但对于有HIV共同感染的C型肝炎母亲则建议剖腹产以降低HIV和C型肝炎的垂直感染。

如果C型肝炎母亲为无症状或无HIV共同感染，仍然可以喂哺母乳；但如果是刚感染C型肝炎或有HIV共同感染，因为体内的病毒量较高连带母乳中病毒量亦较高，则不建议喂哺母乳。

一般筛检C肝是测血清中的抗C肝抗体，但抗体会经由胎盘传到婴儿，所以在一岁半以前想藉此确定是否从母体垂直感染到C肝，并不十分可靠，通常建议：在三个月大之后做一次C肝病毒RNA定量；一岁半到两岁之间再以抗C肝抗体或第二次病毒RNA定量，以确认小孩是否确定遭感染。

不过，C肝从被感染到肝功能异常、肝硬化、甚至肝炎需要一段漫长的时间，遭垂直感染的儿童必须长期追踪。