99年2月3日 公佈強行通過的行政院組織法，第15條 " 本法自中華民國一百零一年一月一日開始施行。"
也就是目前還沒適用新法。 不管部門是存在的才對。 至於我的問題已解決。
99年2月3日 公佈的行政院組織法
來源：行政院公報資訊網
http://gazette.nat.gov.tw/EG_FileManager/eguploadpub/eg016026/ch09/type10/gov80/num27/Eg.htm 總統令 中華民國99年2月3日
華總一義字第09900024171號
茲修正行政院組織法，公布之。
總 統 馬英九
行政院院長 吳敦義
行政院組織法
中華民國99年2月3日公布
第 一 條 本法依憲法第六十一條制定之。
第 二 條 行政院行使憲法所賦予之職權。
第 三 條 行政院設下列各部：
一、 內政部。
二、 外交部。
三、 國防部。
四、 財政部。
五、 教育部。
六、 法務部。
七、 經濟及能源部。
八、 交通及建設部。
九、 勞動部。
十、 農業部。
十一、 衛生福利部。
十二、 環境資源部。
十三、 文化部。
十四、 科技部。
第 四 條 行政院設下列各委員會：
一、 國家發展委員會。
二、 大陸委員會。
三、 金融監督管理委員會。
四、 海洋委員會。
五、 僑務委員會。
六、 國軍退除役官兵輔導委員會。
七、 原住民族委員會。
八、 客家委員會。
第 五 條 行政院置政務委員七人至九人，特任。
政務委員得兼任前條委員會之主任委員。
第 六 條 行政院設行政院主計總處及行政院人事行政總處。
第 七 條 行政院設中央銀行。
第 八 條 行政院設國立故宮博物院。
第 九 條 行政院設下列相當中央二級獨立機關：
一、 中央選舉委員會。
二、 公平交易委員會。
三、 國家通訊傳播委員會。
第 十 條 行政院院長綜理院務，並指揮監督所屬機關及人員。
行政院院長因事故不能視事時，由副院長代理其職務。
第 十一 條 行政院院長得邀請或指定有關人員列席行政院會議。
第 十二 條 行政院置秘書長一人，特任，綜合處理本院幕僚事務；副秘書長二人，其中一人職務比照簡任第十四職等，襄助秘書長處理本院幕僚事務。
行政院置發言人一人，特任，處理新聞發布及聯繫事項，得由政務職務人員兼任之。
第 十三 條 行政院各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
第 十四 條 行政院為處理特定事務，得於院內設專責單位。
第 十五 條 本法自中華民國一百零一年一月一日開始施行。
