99年2月3日 公布强行通过的行政院组织法，第15条 " 本法自中华民国一百零一年一月一日开始施行。"
也就是目前还没适用新法。 不管部门是存在的才对。 至于我的问题已解决。
99年2月3日 公布的行政院组织法
来源：行政院公报资讯网
http://gazette.nat.gov.tw/EG_FileManager/eguploadpub/eg016026/ch09/type10/gov80/num27/Eg.htm 总统令 中华民国99年2月3日
华总一义字第09900024171号
兹修正行政院组织法，公布之。
总 统 马英九
行政院院长 吴敦义
行政院组织法
中华民国99年2月3日公布
第 一 条 本法依宪法第六十一条制定之。
第 二 条 行政院行使宪法所赋予之职权。
第 三 条 行政院设下列各部：
一、 内政部。
二、 外交部。
三、 国防部。
四、 财政部。
五、 教育部。
六、 法务部。
七、 经济及能源部。
八、 交通及建设部。
九、 劳动部。
十、 农业部。
十一、 卫生福利部。
十二、 环境资源部。
十三、 文化部。
十四、 科技部。
第 四 条 行政院设下列各委员会：
一、 国家发展委员会。
二、 大陆委员会。
三、 金融监督管理委员会。
四、 海洋委员会。
五、 侨务委员会。
六、 国军退除役官兵辅导委员会。
七、 原住民族委员会。
八、 客家委员会。
第 五 条 行政院置政务委员七人至九人，特任。
政务委员得兼任前条委员会之主任委员。
第 六 条 行政院设行政院主计总处及行政院人事行政总处。
第 七 条 行政院设中央银行。
第 八 条 行政院设国立故宫博物院。
第 九 条 行政院设下列相当中央二级独立机关：
一、 中央选举委员会。
二、 公平交易委员会。
三、 国家通讯传播委员会。
第 十 条 行政院院长综理院务，并指挥监督所属机关及人员。
行政院院长因事故不能视事时，由副院长代理其职务。
第 十一 条 行政院院长得邀请或指定有关人员列席行政院会议。
第 十二 条 行政院置秘书长一人，特任，综合处理本院幕僚事务；副秘书长二人，其中一人职务比照简任第十四职等，襄助秘书长处理本院幕僚事务。
行政院置发言人一人，特任，处理新闻发布及联系事项，得由政务职务人员兼任之。
第 十三 条 行政院各职称之官等职等及员额，另以编制表定之。
第 十四 条 行政院为处理特定事务，得于院内设专责单位。
第 十五 条 本法自中华民国一百零一年一月一日开始施行。
