耳溫槍的發明，雖然省去嬰兒測量肛溫的不便，但不少父母使用前並未詳讀說明書，導致操作錯誤或誤解所測溫度，徒增不少困擾。「為什麼左耳溫度量起來和右耳不同？」

「明明量起來已經三十八度，為什麼醫師說沒發燒？」就是典型的問題。

　　要了解耳溫槍的使用問題，必須先知道設計原理。耳溫槍的研發與耳朵的位置有關，由於耳鼓、耳膜位於頭骨內接近體溫控制中樞「腦下垂體」位置，且充分得到頸動脈血流供應，若人體核心溫度有任何變動，可立即由鼓膜溫度表現出來，耳溫槍就是以紅外線測量自鼓膜釋出的熱能，獲得正確溫度。

　　不過，目前市售的耳溫槍原設定溫度分為口溫及肛溫兩種，不同廠牌耳溫槍設定溫度也不同，一般腋溫加上零點五度等於口溫、口溫再加零點五度才等於肛溫；小兒發燒的標準為肛溫攝氏三十八點三度以上，若耳溫槍設定溫度為口溫，必須再加零點五度才等於肛溫，許多家長可能就在未察覺其中差別，就認為孩子發燒了。

　　然而，也有家長反映，左右耳測得的體溫不同。這可能與耳垢或操作技巧有關，耳溫槍以紅外線偵測，若耳內耳垢過多，可能干擾紅外線反射，所得溫度會略低；另外，耳溫槍的置入必須順著耳道方向，若置入角度有偏差，也會影響體溫 偵測。家長要避免這類使用問題，最好先詳讀說明書，不需過於驚慌。