事实上，就在2004年10月，法国科学家宣布了一项发现，再次显示有一些病毒距离生命有多近。马赛地中海大学的哈乌（Didier Raoult）和他的同事，完成了已知最大病毒「拟菌病毒」（mimivirus）的基因组定序工作。这种病毒在1992年发现，体积约与小型细菌相当，会感染阿米巴原虫。定序分析显示，这种病毒拥有众多原本认为只存在于细胞生物的基因，有些基因与病毒蛋白质的制造有关，可能可以让拟菌病毒更容易驱策宿主细胞的复制系统。如同该研究小组在《科学》期刊中指出，拟菌病毒复杂的遗传组成，「挑战了病毒和寄生性细胞生物的分界。」

对演化的冲击
病毒该不该归类为生命的争议，很自然地引发了另一个问题：思考病毒有没有生命，会不会更像是个哲学问题、一个生动热烈的修辞争议，却没有什么实质的重要性？我认为这个议题是很重要的，因为科学家对这问题的态度，会影响他们对演化机制的看法。

病毒有它们自己古老的演化史，可以一直追溯至细胞生命起源之时。举例来说，有些病毒的修补酵素，可以切除并重新合成损坏的DNA、修复自由基所造成的破坏等，这种能力是特定的病毒所独有，而且可能已经存在了几十亿年，几乎都没有改变。

尽管如此，大部份演化生物学家在研究演化的时候，仍抱持着因病毒没有生命、所以无需严肃考虑的想法。他们在看待病毒时，也认为病毒的形成是宿主基因不知怎地逃脱出来、然后获得蛋白质外壳。在这观点下，病毒是落跑的宿主基因退化而成的寄生体，而将病毒摒除在生命的网络之外，病毒对物种起源和生命维续的重要贡献，则受到漠视。（事实上，在厚达1205页的2002年版《演化百科全书》中，仅有4页是有关病毒的。）

当然，演化生物学家并不否定病毒在演化中扮演着一些角色，但当研究者把病毒当做无生物看待时，他们也将病毒归类在等同于气候变化之类的外在影响之中。这类外力会选择遗传控制的各式性状，让那些面对外来挑战时最能生存茁壮的个体，也能够成功繁衍，将它们的基因传给下一代。

但是病毒却能直接与生物交换遗传讯息，也就是说它们是处在生命网络之内。可能最让大部份医师、还有大部份演化生物学家惊讶的是，大部份已知的病毒都不是病原体，而是宿存而无害的。它们长期寄居在细胞内，维持蛰伏状态，或以缓慢而稳定的速度利用细胞的复制工具繁殖自己。这些病毒发展出许多灵巧的办法，来躲避宿主免疫系统的侦查，几乎在免疫防线的每一步，病毒都能想出改变和控制的办法。

再者，一个病毒的基因组（整段DNA或RNA）可以永久寄居在宿主内，将病毒基因加入宿主的遗传世系，最后成为宿主基因组的重要组成。相较于只能单纯选择缓慢遗传变异的外力，病毒的影响无疑更快更直接。而且病毒庞大的数量，再加上它们快速复制和突变的速率，让它们成为世界上最重要的遗传创造者：病毒经常「发明」新基因。而源自病毒的独特基因可能会到处流传，进入其他生物并造成演化上的改变。

【意犹未尽吗？欲阅读完整全文，请参阅科学人2005年1月号〈病毒不是活的吗？〉】

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