非洲地區衛生環境普遍不佳，再加上氣候變暖造成各類流行性傳染病大肆蔓延，較常見為愛滋病、瘧疾、霍亂、登革熱、黃熱病、痢疾、傷寒、腦脊髓膜炎及肺結核等疾病，出國前應事先做好抗體疫苗注射及準備相關預防藥品。前往瘧疾流行地區，應於出發前三週開始服用抗瘧藥物，返國後三週內仍宜繼續服用；若干國家並規定須持有注射黃熱病之黃皮書證明文件方可入境。 其他應注意之衛生事項：

（一） 應特別注意飲食衛生，避免食用未煮熟食品及飲用生水。
（二） 南非東部及北部地區河水中有寄生蟲，不宜游泳及戲水。
（三） 非洲國家氣候乾炎熱，應適當補水份。
（四）布吉納法索有腦脊髓膜炎W135型疫情，欲前往該國者請施打W135型疫苗。