1、內閣文庫與德川幕府藏書
內閣文庫為日本國立公文書館下屬。館內所藏漢籍，基本上由幕府時代的“紅葉山文庫”、昌平黌和江戶醫學所舊藏這三部分組成。其歷史可以追溯到豐臣秀吉時代和其後的德川幕府時代的“紅葉山文庫”。十六世紀末，關白豐臣秀吉的養子豐臣秀次隨豐臣軍征服關東時，將利足學校連同藏書一起運往京都。又將原藏于金澤文庫的包括宋元版的全部藏書，稱名寺的宋版經卷，鐮倉古寺院的大量墨寶也一併帶回京都。豐臣的家將們也協助秀次蒐集，將萬曆朝鮮戰爭中朝鮮半島掠奪的朝鮮古籍和宋版提供給秀次。秀次也成為16世紀末日本最大的藏書家。

1591年將關白之位讓給養子豐臣秀次，自稱太閣。1598年豐臣秀吉去世，位居五大老之首的德川家康與秀次爭奪領導權。1615年5月大今大阪之役，豐臣秀次戰敗自殺。秀次的藏書盡歸德川。德川家康將原利足學校的藏書和金澤文庫送回關東舊址，其餘餘下的書籍藏于自己的紅葉山文 ..

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2、宮內廳書陵部
現在稱作宮內廳書陵部圖書館，二戰前稱為宮內省圖書寮。建立於明治十七年（1884），其藏書由獻納和接受兩種來源。如昭和二十四年三月，一次接受的書籍僅漢籍就有18384冊10568帖，以紅葉山文庫的藏書為主獻納較多者如古賀家之藏書（古賀精裡、古賀侗庵、古賀茶溪）於明治二十二年獻納于宮內廳書陵部德山藩主毛利元次亦於明治二十九年將其中善本獻于宮內省。宮內廳書陵部的漢籍藏書經神田喜一郎整理編目，分別出版有《帝室和漢圖書目錄》、《增加帝室和漢圖書目錄》、《圖書寮漢籍善本目錄》。

3、日本國立國會圖書館
“國立國會圖書館”是日本的中央圖書館，其前身是“東京書籍館”，開設於明治八年（1873）。明 ..

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除人文科學研究所外，其附屬圖書館以及京都大學各部圖書館內也存有漢籍。如文學部，其《鈴木文庫》、《狩野文庫》、《今西文庫》等個人文庫內的漢籍都相當豐富。但遺憾的是：自1959年編成的《京都大學文學部漢籍分類目錄第一》以來，反映新增漢籍的新書目一直沒有公開刊行。

5、東京大學東洋文化研究所
東洋文化研究所的漢籍，是以大木貫一、長澤規矩也、仁井田陞等藏書的受贈和購入開始，再加上一九四八年東方文化學院併入東洋文化研究所時移交的圖書為基礎。東方文化學院在一九二九年曾購得中國藏書家徐則恂“東海藏書樓”的藏書四萬餘冊，在移交時圖書有103,587冊。至於各方捐書及購得的私人藏書以下列幾個“文庫”最為重要：“大木文庫”，系 ..

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